《意見》指出，要健全以生態環境要素為實施對象的分類補償制度，綜合考慮生態保護地區經濟社會發展狀況、生態保護成效等因素確定補償水平，對不同要素的生態保護成本予以適度補償。后續將建立健全分類補償制度，并逐步探索統籌保護模式。

值得一提的是，對于后續生態保護補償，市場機制將進一步發揮作用，多元化補償將加快推進。《意見》指出，要完善市場交易機制。加快自然資源統一確權登記。在合理科學控制總量的前提下，建立用水權、排污權、碳排放權初始分配制度。健全以國家溫室氣體自愿減排交易機制為基礎的碳排放權抵消機制，將具有生態、社會等多種效益的林業、可再生能源、甲烷利用等領域溫室氣體自愿減排項目納入全國碳排放權交易市場。

生態保護補償市場化融資渠道也將打開。《意見》提出，研究發展基于水權、排污權、碳排放權等各類資源環境權益的融資工具，建立綠色股票指數，發展碳排放權期貨交易。擴大綠色金融改革創新試驗區試點范圍，把生態保護補償融資機制與模式創新作為重要試點內容。推廣生態產業鏈金融模式。鼓勵銀行業金融機構提供符合綠色項目融資特點的綠色信貸服務。鼓勵符合條件的非金融企業和機構發行綠色債券。鼓勵保險機構開發創新綠色保險產品參與生態保護補償。

江蘇長江經濟帶研究院院長、首席專家成長春表示，生態補償是區域間利益調整和合理分配的重要政策工具，有助于推動解決區域間因分工不同帶來的利益失衡問題。市場化手段能夠讓生態環境消費者的消費成本內部化、制度化，從而有效約束生態環境消費者對生態環境的過度消費。

此外，包括法律、財稅等一系列配套措施也將加快跟進。《意見》指出，要落實環境保護法、長江保護法以及水、森林、草原、海洋、漁業等方面法律法規。發揮資源稅、環境保護稅等生態環境保護相關稅費以及土地、礦產、海洋等自然資源資產收益管理制度的調節作用。繼續推進水資源稅改革。落實節能環保、新能源、生態建設等相關領域的稅收優惠政策。

生態環境部環境規劃院管理與政策研究所副所長董戰峰表示，《意見》對生態補償制度建設進行系統設計和統籌謀劃，著力推進建立生態保護者和受益者之間公平合理、均衡有效的關系，把生態環境責任和經濟責任聯動起來，將有效提高相關方開展生態環境保護的內在動力。